สงครามกลางเมืองในมาตุภูมิ
งานต่างๆ เริ่มจะดำเนินไปได้ครึ่งทางในช่วงระหว่างปีค.ศ.1930 สงครามกลางเมืองก็อุบัติขึ้นในปีค.ศ.1936
การเบียดเบียน
ทางศาสนาส่งผลให้คุณพ่อโฮเซมารีอา ซึ่งขณะนั้นอยู่ที่กรุงมาดริดต้องลี้ภัยไปตามสถานที่ต่างๆ
ท่านปฏิบัติหน้าที่ในการแพร่
ธรรมในฐานะพระสงฆ์อย่างลับๆ จนกระทั้งในที่สุดสามารถหลบหนีออกจากกรุงมาดริดได้
ครั้งหนึ่งท่านพักอาศัยอยู่ในแฟลต
แห่งหนึ่งร่วมกับกลุ่มผู้ลี้ภัย มีชายผู้หนึงซึ่งขณะนั้นก็ยังไม่ทราบว่าท่านเป็นใคร
แต่ในหลายปีต่อมาชายผู้นี้หวนระลึกถึง
เหตุการณ์ในครั้งนั้น เล่าให้ฟังว่า กำลังทหารกองหนุนได้ตรวจค้นหาทั่วทุกซอกทุกมุม
ตั้งแต่ห้องใต้ดินจนถึงห้องใต้หลังคา.. ในสถานการณ์เช่นนี้ คุณพ่อโฮเซมารีอาไม่ประสงค์จะให้เหล่าผู้ลี้ภัยต้องเสียชีวิตโดยปราศจากแม้แต่โอกาสที่จะได้รับศีล
อภัยบาป จึงแอบกระซิบว่า ผมเป็นกระสงฆ์ เรากำลังตกที่นั่งลำบาก นับเป็นความกล้าหาญอย่างยิ่งของท่านที่มาบอกให้ผม
ทราบว่าท่านเป็นพระสงฆ์ เพราะผมอาจจะหักหลังท่านก็ได้ โดยอาจจะบอกให้พวกทหารทราบถึงฐานะของท่าน
หากพวกเขา
เข้ามาตรวจค้น ทั้งนี้ก็เพื่อที่จะรักษาชีวิตของตัวผมเอง
เมื่อสงครามยุติลงในปี ค.ศ.1939 ท่านบุญราศีเดินทางกลับมายังกรุงมาดริด
และหลายปีต่อมาท่านก็ได้เทศน์อบรมฟื้นฟู
จิตใจให้กับบรรดาฆราวาสพระสงฆ์และสมาชิกของคณะ และในปีเดียวกัน ท่านก็สำเร็จปริญญาเอกทางกฎหมาย
พัฒนาการของคณะพันธกิจแห่งพระเป็นเจ้า
ในปีค.ศ.1946 ท่านบุญราศีย้ายถิ่นพำนักมาที่กรุงโรม ณ ที่นี้ท่านสำเร็จปริญญาเอกทางเทวศาสตร์จากมหาวิทยาลัยลาเตรัน
และได้รับการแต่งตั้งให้เป็นที่ปรึกษาของสภาวาติกัน 2 แห่ง ได้รับเกียรติให้เป็นสมาชิกกิตติมศักดิ์ของสถาบันเทววิทยา
แห่ง
สันตะสำนักและเป็นพระสงฆ์ผู้ใหญ่ใกล้ชิด (Prelate of Honour) ของสมเด็จพระสันตะปาปาปีโอ
ที่ 12 ท่านติดตามการ
เพื่อการสังคายนาวาติกันครั้งที่ 2 อย่างใกล้ชิดรวมถึงได้เข้าร่วมประชุมอีกหลายครั้งในช่วงระหว่างปี
ค.ศ.1962-1965 ท่าน
ร่วมปรึกษาหารือกับคุณพ่ออีกหลายท่านที่เป็นสมาชิกสภาที่ปรึกษา
คุณพ่อโฮเซมารีอาเป็นผู้มีวิสัยทัศน์อันกว้างไกลเป็นเลิศ ทัศนคติของท่านในด้านกิจกรรมต่างๆ
ของคณะท่านจะคำนึงถึงชน
จากทุกวิถี คริสชนนิกายต่างๆ และผู้ที่นับถือศาสนาอื่นหรือแม้กระทั่งผู้ไม่มีศาสนาท่านเริ่มขยายงานของคณะอย่างจริงจัง
และ
ส่งผู้แทนไปก่อตั้งศูนย์ทำงานซึ่งส่วนใหญ่จะเป็นประเทศในแถบยุโรปตะวันตกได้แก่อิตาลี,โปรตุเกส,
อังกฤษและไอร์แลนด์
และประเทศที่ตั้งอยู่ทางตอนเหนือ กลางและใต้ของทวีปอเมริกา และภายหลังในประเทศเคนยา,
ญี่ปุ่น, ออสเตรเลีย, ฟิลิปปินส์และไนจีเรีย
ท่านมักเดินทางจากกรุงโรมเพื่อไปยังประเทศต่างๆ
ในแถบยุโรปซึ่งรวมถึงสหราชอาณาจักรและไอร์แลนด์ ทั้งนี้ก็เพื่อที่จะ
ปูทางเพื่อการขยายงานของคณะในดินแดนเหล่านี้ และด้วยเหตุผลอันเดียวกันนี้เองในช่วงปีค.ศ.1970-1975
ท่านออกเดิน
ทางไกลทั่วทั้งประเทศเม็กซิโก สเปน, โปรตุเกส, อเมริกาใต้และกัวเตมาลา
เทศน์สอนคำสอนให้ชนกลุ่มใหญ่ทั้งหญิง
และชาย กล่าวถึงความจริงขั้นพื้นฐานเกี่ยวกับความเชื่อให้พวกเขาฟังซึ่งเป็นสิ่งเดียวกับที่ท่านปฏิบัติมาโดยตลอด
อธิบายถึง
คุณค่าของการงาน และความจำเป็นของผู้คนในเรื่องศีลศักดิ์สิทธิ์โดยเฉพาะอย่างยิ่งศีลศักด์สิทธิ์แห่งการ
คืนดีกับพระเป็นเจ้า
ความหมายของการแต่งงานและชีวิตครอบครัว และหน้าที่รับผิดชอบของคริสตชนที่จะเกื้อกูลระหว่างผู้มีความเชื่อเดียวกัน
ที่จะทำให้เกิดผลจริงในภาคปฏิบัติ ท่านปราศรัยอย่างจับใจเรื่องที่เกี่ยวกับการปกป้องพระศาสนจักร
และไม่เกรงกลัวที่จะ
พูดถึงการแบกกางเขนการพลีกรรมและการละจากกิเลสต่างๆ