หลุยส์ ปาสเตอร์ ถึงแก่กรรมเมื่อวันที่ 28 กันยายน 1895 ในมือยังคงถือสายประคำอยู่ ท่ามกลางการห้อมล้อมของสมาชิกในครอบครัว, ลูกศิษย์ลูกหาที่รักใคร่เคารพในตัวท่าน...ในช่วงที่อาการของท่านทรุดหนัก จนไม่สามารถอ่านหนังสือด้วยตนเองได้แล้ว ท่านก็ขอให้คนอ่านชีวประวัติของท่านนักบุญ วินเซนต์ เดอปอล บุตรชาวนาผู้ยากจนเช่นเดียวกับท่าน. แต่ได้บำเพ็ญประโยชน์แก่ชาวโลก มากมายเหลือคณานับ. ท่านเองก็หวังว่า ผลงานของท่านคงจะได้ช่วยให้คนเป็นอันมาก ได้พ้นทุกข์ทรมาน เป็นต้นพวกเด็กๆ และคนยากจนทั้งหลาย

เหนือหีบศพที่เรียบง่ายของท่านในโบสถ์บริเวณสถาบันปาสเตอร์

บนหีบศพของท่าน ภายในโบสถ์บริเวณสถาบันปาสเตอร์ (Pasteur Institute) ที่กรุงปารีสมีข้อความที่คัดมาจากบทประพันธ์ของนักวิทยาศาสตร์จารึกไว้ดังนี้:

“ผู้ที่ธำรงฉายาลักษณ์พระเจ้าและเจริญชีวิตตามนั้น คือความงามที่ล้ำเลิศ, วิทยาการที่ทรงคุณค่า, ความภาคภูมิของประเทศชาติ และคุณธรรมแห่งพระวรสาร”